Muzeum archeologiczne, będące jednocześnie najważniejszym muzeum na wyspie, prezentuje historię wyspy począwszy od czasów kamienia łupanego aż do epoki romańskiej. Zbiory są ułożone chronologicznie i bardzo dobrze opisane. Muzeum najlepiej jest zwiedzać wcześnie rano albo późnym popołudniem/wieczorem. W ciągu dnia muzeum jest przepełnione turystami, którzy masowo są przywożeni ogromnymi autokarami.
Poniżej wymienione są dostępne ekspozycje:
Sala I – neolit (7000-3500 p.n.e.) i okres przedpałacowy.
Sala II – okres starszych pałaców (1900-1800 p.n.e.).
Sala III – okres starszych pałaców i pałac w Fajstos (1900-1700 p.n.e.).
Sala IV – okres młodszych pałaców (1700-1450 p.n.e.) oraz pałace w Knossos, Fajstos i Malii.
Sala VII – wille i domy w Vathypetro, Nirou, Tylissos i Amnissos, Arkalochori, Psychro i Patsos oraz nekropolie w Malii, Molchos, Gourni i Episkopi (1700-1450 p.n.e.).
Sala VIII – pałac w Kato Zakro (1700-1450 p.n.e.).
Sala IX – okres nowych pałaców we wschodniej Krecie; Palaiokastro, Psira, Gournia, Piskokephalo, Mochlos i Myrtos.
Sala X – okres popałacowy (1450-1100 p.n.e.).
Sala XI – okresy: subminojski, protogeometryczny i wczesnogeometryczny (1100-800 p.n.e.).
Sala XII – okresy: wysokogeometryczny i orientalistyczny (800-650 p.n.e.).
Sala XIII – sarkofagi minojskie.
Sala XIV – freski minojskie.
Sala XV – freski minojskie.
Sala XVI – freski minojskie.
Sala XVII – zbiory Giamalakis (Jiamalaki).
Sala XVIII – drobne wyroby z okresów: archaicznego, klasycznego i rzymskiego (VII-IV w. p.n.e.).
Sala XIX – rzeźba (650-550 p.n.e.).
Sala XX – gliptyka z okresów: klasycznego, hellenistycznego i rzymskiego (V-IV w. p.n.e.).