Patronem kościoła jest św. Szczepan, jeden z pierwszych siedmiu diakonów i pierwszy męczennik chrześcijański. Poniósł on śmierć męczeńską za wiarę około roku 36 w Jerozolimie.
Kościół został wybudowany w V wieku na polecenie papieża Leona na okrągłym planie wzorowanym na bazylice Grobu Pańskiego w Jerozolimie. Dach świątyni podtrzymywany jest przez 22 jońskie kolumny pochodzące prawdopodobnie z antycznej świątyni, która stała w tym miejscu. Z czterech bocznych kaplic, które tworzyły grecki krzyż, do dzisiaj zachowała się tylko kaplica św. Prymusa i Felicjana. Absyda kaplicy ozdobiona jest mozaiką z VII wieku przedstawiającą patronów kaplicy.
Ściana boczna bazyliki obrobiona jest freskami przedstawiającymi cierpienia męczenników. Freski, na zamówienie papieża Grzegorza XIII wykonał w latach 1572-1585 malarz Niccolò Circignani.
