Budowę kościoła rozpoczęto w roku 1626, cztery lata po wyniesieniu na ołtarze św. Ignacego Loyoli, założyciela zakonu jezuitów. Jej fundatorem był kardynał Ludovico Ludovisi. Architektura i wystrój kościoła jest doskonałym przykładem sztuki barokowej.
Freski w kaplicach bocznych, zakrystii oraz apsydzie wykonał francuski jezuita Pierre de Lattre. Jego dziełem były również ołtarze boczne. Pierwotnie planowano wybudowanie kopuły, z czego jednak ostatecznie zrezygnowano. Andrea del Pozzo wpadł na pomysł, by przykryć jej miejsce na suficie iluzjonistycznym obrazem przedstawiającym wnętrze kopuły. Pozzo wykonał fresk sklepienia nawowego, którego treść nawiązuje do przyjęcia św. Ignacego Loyoli do raju niebieskiego. Zaprojektował on także ołtarze transeptu oraz namalował freski na sklepieniu transeptu oraz w apsydzie.